Historická Náprstkova knihovna neobsahuje jen knihy a časopisy, ale i další fondy, jako např. rozsáhlou sbírku fotografií, stereoskopických obrázků, grafiky, výstřižkových knih apod. Knižní fond se již nedoplňuje a obsahuje kolem 60.000 svazků z nejrůznějších vědních oborů a žánrů, vydaných v mnoha jazycích zhruba do r. 1950.

Badatelé mají rovněž k dispozici odbornou knihovnu shromažďující publikace a periodika o mimoevropských národech (národopis, archeologie, historie, geografie, umění apod.). Raritou knihovních fondů je třetí, tzv. krajanská knihovna, zahrnující tisky (monografie, periodika, kalendáře) Čechů a Slováků vydávané v zahraničí zhruba od 60.let 19.stol. do současnosti. Byla založena již Náprstkem a dodnes se doplňuje především díky darům krajanů.